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Subvention FRQNT Échanges hors Québec de professeurs, Dr Ahmed Siah

Le Dr Ahmed Siah (British Columbia Centre for Aquatic Health Sciences) reçoit une subvention d'un montant de 6,500$ dans le cadre du programme FRQNT d'échanges hors Québec de professeurs pour un séjour de 2 mois au laboratoire Louis Bernatchez (U. Laval). Voici le titre et le résumé du projet en question:


Analyses bio-informatiques pour les analyses d'assignation parentale chez les poissons d'élevage

Le programme d'élevage sélectif est actuellement devenu une pièce maîtresse dans la gestion des stocks de poissons aquacoles et il nécessite une connaissance du pédigrée de la population. Traditionnellement, les poissons sont élevés dans des bassins séparés jusqu'à ce qu'ils atteignent une taille suffisamment grande pour être marqués. Cette stratégie exige beaucoup de main-d'œuvre et, plus important encore, les poissons sont sujets à des différences de facteurs environnementaux entre les bassins susceptibles d'affecter la performance de traits spécifiques. Pour éviter ces facteurs confondants, déterminer le profil génétique des individus est une avenue d'intérêt pour les assignations parentales dans une population mixte. Avec leurs coûts à la baisse et la démocratisation des techniques de séquençage de nouvelles générations, les marqueurs de polymorphismes (Single Nucleotide Polymorphisms : SNP) gagnent en popularité pour les analyses parentales. Ces marqueurs SNPs sont des mutations qui peuvent être utilisées comme empreintes génétiques spécifiques au parent et à la progéniture. Ils ont deux avantages principaux: 1) les loci SNP ont 2 allèles, ce qui les rend appropriés pour une analyse à haut débit; 2) les SNP sont plus abondants que les marqueurs microsatellites ce qui permet une résolution plus élevée. Le laboratoire du Dr Bernatchez a développé une expertise dans l’analyse bio-informatique de marqueurs génomiques tels que les SNPs. L’objectif de cet échange est que nos deux laboratoires puissent échanger les connaissances et méthodologies d’analyse bio-informatique des SNPs pour le diagnostic des lignées parentales chez le saumon atlantique.